La FNUJA est dotée de dix commissions de travail : Accès au Droit et Aide Juridictionnelle, Collaboration, Exercice Professionnel et Nouvelles Technologies, Formation, Installation et Association, International et Europe, Justice Pénale et Droits Fondamentaux, Mineurs, Prospective et Réformes et Action Syndicale et Communication.
A la tête de chaque Commission un Président élu lors du comité du 9 juin 2012.
Ci-dessous, classée par ordre alphabétique, la liste des commissions et de leurs responsables :

ACCES AU DROIT ET AIDE JURIDICTIONNELLE
Présidente :
Maria BONON (Le Mans)
accesaudroit_AJ@fnuja.com
COLLABORATION
Président :
Benoit CHARIOU (Marseille)
collaboration@fnuja.com
EXERCICE PROFESSIONNEL ET NOUVELLES TECHNOLOGIES
Présidente :
Aline POIRSON (Nancy)
exerciceprofessionnel@fnuja.com
FORMATION
Président :
Benjamin MARCILLY (Lille)
formation@fnuja.com
INSTALLATION ET ASSOCIATION
Président :
Stephan DARRACQ (Bordeaux)
installationetassociation@fnuja.com
INTERNATIONAL ET EUROPE
Président :
Olivier QUESNEAU (Aix en Provence),
international_europe@fnuja.com
JUSTICE PENALE ET DROITS FONDAMENTAUX
Président :
Vincent PENARD (Aix-en-Provence)
penal@fnuja.com
MINEURS
Présidente :
Lucie TEYNIE (Bordeaux)
mineurs@fnuja.com
PROSPECTIVE ET REFORMES
Président :
Harry OHRON (Val de Marne)
prospective@fnuja.com
ACTION SYNDICALE ET COMMUNICATION
Présidents :
Les Vice-présidents Paris et Province
actionsyndicale@fnuja.com